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    人工(gōng)智能助力医(yī)疗,精准找出致病物质

    2020/03/24606

    人工智能助力医疗,精准(zhǔn)找出治病物质

    在制药(yào)过程(chéng)中,药物被淘汰的原因众多,其中之一就在于其对(duì)细胞色素(sù)P450的消极抑制作用。细胞色(sè)素(sù)P450是一组主要(yào)在肝脏中产生的(de)酶,通常被称(chēng)为CYP450,参与(yǔ)分解化(huà)学物质(zhì),防止(zhǐ)它们在血(xuè)液中积累(lèi)到危险的水平。然而,事实证明,许多(duō)实验(yàn)药物都能抑制CYP450的(de)产生,这种的副作用会(huì)使药物对人体(tǐ)产生毒性。

    制(zhì)药公司(sī)一(yī)直依(yī)赖于传统医学工具来预测药物(wù)是(shì)否会抑制患(huàn)者体内的(de)CYP450,比如在试管中进(jìn)行化学(xué)分析,观(guān)察CYP450与具有化学相似性的药物之间的相互作用,以及(jí)在小白(bái)鼠身上进行实(shí)验(yàn)。但是这样的预测可能并不准确。在某些情况下,CYP450相关毒性只有在(zài)人体试验中才会被发现(xiàn),导致付诸的(de)金(jīn)钱多年(nián)的努力白费。就在这个关键时刻,AI制药重新(xīn)进入了大众视野。

    弥补传统制药弊(bì)端,AI制药效率大幅提高(gāo)

    制药的(de)低效率引出了一(yī)个(gè)更严肃的问题(tí):至少20年来(lái),价值1万亿(yì)美元(yuán)的全球制药行业一直处于药物开发低迷、生产率下(xià)滑的状态。制药公(gōng)司的金钱投入越来越(yuè)多——10家(jiā)最(zuì)大的制药公司现在(zài)每年花费近(jìn)800亿美(měi)元——研发出的有效(xiào)药物却越来越少(shǎo)。十年(nián)前,若投入一美元来研发药物(wù),就能(néng)收到10美分的回(huí)报;如今,收益率却不足2美(měi)分(fèn)。某种程(chéng)度上,这是因为用于治疗常见(jiàn)疾病的药物都已经找(zhǎo)到(dào)了,只剩下开发用于解决复(fù)杂疾病的药(yào)物,这些药(yào)物只能治疗(liáo)一小部分人(rén)的(de)疾病,因此能够获得的收(shōu)益也要少(shǎo)得多。

    根据塔(tǎ)夫茨药物开发研究中心的数据,近年来,药物上市的平均(jun1)成本(běn)几乎翻了(le)一番,达到26亿美元之多。药物从在实验室中(zhōng)诞生到流入市场的时间(jiān)线被延长到了12年(nián),而有90%的药物在(zài)人体试验(yàn)的阶段就被淘汰。

    因此,研究(jiū)人(rén)员对AI在药物研发(fā)方面的高涨热情也就不足为(wéi)奇了(le)。用户只需要给AI工具(jù)提供样本(某种(zhǒng)分子结构)和相应的(de)解决方案(分子(zǐ)最终如何被制成药物),它们就(jiù)可以开发自己的计算方法来快(kuài)速产生相(xiàng)似的制药(yào)方案。

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    AI(右(yòu))能更准(zhǔn)确地找(zhǎo)到致病肿瘤

    大多数机(jī)器学习程序可以处理小数据集,而深度学(xué)习(xí)程序可以处(chù)理大量原始的、非结构化的数据(jù)。一个深(shēn)度学习的(de)版(bǎn)本可以从(cóng)未标记的细胞图像中进行(háng)分(fèn)子结构辨识,不过(guò),它可能需要查看上百(bǎi)万个细胞样本才能(néng)做到这(zhè)一(yī)点(diǎn)。

    最终,AI将在以下几个方面(miàn)改善药物开发:1.识别更(gèng)有效的候选药物;2.提高药物测试(shì)的(de)“命中率”,即通过临床试验并获得监管批准的候选人的百分比;3.加速(sù)整个制(zhì)药过程。

    百时(shí)美施(shī)贵(guì)宝(Bristol-Myers Squibb)最近部(bù)署了一个机器学习程序,该程序经过训(xùn)练,已能够在大量细胞样本中发现与CYP450抑制效用(yòng)相(xiàng)关(guān)的分子结构。Saha说(shuō),该程(chéng)序将测试准确率提高(gāo)到95%,与(yǔ)传统方法(fǎ)相比,失败率降低近6倍(bèi)。这些结果帮助研究人员(yuán)迅速筛选(xuǎn)出可能(néng)有毒的(de)药物,转(zhuǎn)而关注(zhù)那些有更大(dà)希望通过(guò)多项人体(tǐ)试验、获得美国(guó)食品和药(yào)物管(guǎn)理局(jú)批准的候选药(yào)物(wù)。礼来(Eli Lilly)首席数据和分析官维平•戈帕(pà)尔(Vipin Gopal)表示(shì):“在我们进行(háng)投资之(zhī)前,AI就能帮助我们在早期排除掉那(nà)些潜在(zài)的无(wú)效用药物。”

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    人(rén)工(gōng)智能软件可以预(yù)测(cè)哪些(xiē)化合物可能与目标蛋白结合,以(yǐ)帮助缩小候(hòu)选药物(wù)的范围

    生物(wù)医(yī)学研究人员认识到(dào),像癌(ái)症和阿尔茨海默病等这般复杂的(de)疾病(bìng)所涉及的涉及蛋白质达数百种,如果研发的药物只攻击其中一种蛋白质,则不太可能对整个病毒本身(shēn)造成破坏。Kurji解释说,Cyclica正试图寻找能与(yǔ)几十种目标蛋白相互作用(yòng)的单个化合物,同时避免与其他蛋(dàn)白相互作用。他补充说,目前正在开发的AI 程(chéng)序旨在将大量关于蛋(dàn)白质变异(yì)的遗传(chuán)数据(jù)整合在一起,这样AI助手(shǒu)就可以(yǐ)检测出(chū)哪些(xiē)候选药(yào)物(wù)最(zuì)有效。

    苏格兰邓迪大学医学(xué)信息学教授安德鲁(lǔ)•霍普金斯(Andrew Hopkins)提(tí)出了(le)ex唯科学算法,这个算法只(zhī)需分析10个蛋白质数据就(jiù)能(néng)得到有(yǒu)效信(xìn)息(xī)。它将目标蛋白的生(shēng)物数据与大约(yuē)10亿个蛋(dàn)白质相互作用(yòng)的数据(jù)库进行比(bǐ)较。生成的新数(shù)据(jù)被输入(rù)到程(chéng)序中,程序再次对(duì)列表进行精简,并分析另一(yī)轮所需的数(shù)据。这个(gè)过程重(chóng)复进行,直到程序准(zhǔn)备好生成一个易于管理的化(huà)合物列(liè)表,而这些化(huà)合物(wù)正是目(mù)标药物的良好候(hòu)选。

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    霍普金斯声称,ex唯科学的算法可(kě)以将药物的发现时间从(cóng)4.5年缩短到1年,将发现(xiàn)成本降低80%,合成化(huà)合物的数量也会减少到通常生产一种成功药物所需的五(wǔ)分之一。目前,他正与生(shēng)物(wù)科技巨头Celgene合作,努力为三个目标寻找新(xīn)的潜在药物。

    精确定位目标蛋白!

    为了(le)发现可能(néng)致(zhì)病的蛋白质,生物制药公司Berg也利(lì)用AI助手来(lái)筛选人体组织样本的生物信息。Berg软件的方法是把从病(bìng)人的(de)组织样本、器(qì)官液(yè)体(tǐ)和血样中提取的(de)每一份(fèn)数据都输入程序。样(yàng)品中的(de)活细胞(bāo)被用于各种(zhǒng)实验,如(rú)测试其高葡萄糖(táng)水平。这(zhè)种方法生成多种数据,涵(hán)盖细胞产(chǎn)生能量的能力(lì)和细胞(bāo)膜(mó)的硬度。

    然后(hòu),所有的数据都通过(guò)一系(xì)列深度学习程序运行,这些(xiē)程序寻找非疾病状态和疾病状态之间的特(tè)征差异,最终着眼于(yú)那些含毒(dú)性的蛋白质。在某(mǒu)些情况(kuàng)下,这些蛋白质可能(néng)成为靶标,这时Berg的AI软件就可以寻找药物来(lái)攻击这(zhè)些靶标。更重要(yào)的是,因(yīn)为该软件可以识别目标似乎(hū)只在一小部分患者(zhě)身(shēn)上引起(qǐ)疾病(bìng),所以(yǐ)它可以(yǐ)识别(bié)这些患者的区别性特征。这意味着患者可以在服用药物之前进行(háng)测试,以确定药物是否可能对他(tā)们有效。

    目前,Berg正在与制(zhì)药(yào)巨头(tóu)阿斯利康(AstraZeneca)合作,寻(xún)找治(zhì)疗帕金森(sēn)氏症(zhèng)和(hé)其(qí)他神经系(xì)统疾病的目标,并与赛诺菲巴斯德(Sanofi Pasteur)合作(zuò),以(yǐ)改良流感疫苗。Berg软件已经确定了诊断(duàn)测试(shì)的(de)机制,可以(yǐ)区分前列(liè)腺癌和良性前列腺肥大症,而这些病症如果(guǒ)不做手(shǒu)术则很(hěn)难区分。

    关键词:




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